Database of RNA Tree Graphs

 

List of RNA Tree Graphs by Number of Vertices:   

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13 VERTICES

Number of Possible RNA Topologies: 1301
Number of Motifs Found: 8
Number of Missing Motifs: 1293

 

To learn more about an RNA topology, please click on its tree graph.

These graphs have been ordered according to the second smallest eigenvalue of their Laplacian matrix (λ2 is given).

**Please Note: Red graphs symbolize topologies that have been discovered in naturally occurring structures, while blue and black graphs denote "missing motifs" that have not yet been discovered in nature.
Missing motifs are subdivided into two categories: topologies predicted by k-NN clustering to be RNA-like, or likely to be discovered in naturually occuring RNAs (blue graphs) and topologies predicted by k-NN clustering to be non-RNA-like, or not expected to be found in nature (black graphs).
 

ID: (13,1)
= 0.0581163689

 
 
 

ID: (13,2)
= 0.0595296994

 
 
 

ID: (13,3)
= 0.0610623509

 
 
 

ID: (13,4)
= 0.0616214387

 
 
 

ID: (13,5)
= 0.0629225597

 
 
 

ID: (13,6)
= 0.0633337721

 
 
 

ID: (13,7)
= 0.0640950277

 
 
 

ID: (13,8)
= 0.0647543818

 
 
 

ID: (13,9)
= 0.0655546933

 
 
 

ID: (13,10)
= 0.0658746734

 
 
 

ID: (13,11)
= 0.0660188422

 
 
 

ID: (13,12)
= 0.0664461777

 
 
 

ID: (13,13)
= 0.0665014088

 
 
 

ID: (13,14)
= 0.0674755126

 
 
 

ID: (13,15)
= 0.0676283389

 
 
 

ID: (13,16)
= 0.0676390901

 
 
 

ID: (13,17)
= 0.0679418966

 
 
 

ID: (13,18)
= 0.0681483522

 
 
 

ID: (13,19)
= 0.0685452521

 
 
 

ID: (13,20)
= 0.0686746389

 
 
 

ID: (13,21)
= 0.0688729212

 
 
 

ID: (13,22)
= 0.0689123273

 
 
 

ID: (13,23)
= 0.0691983998

 
 
 

ID: (13,24)
= 0.0699114501

 
 
 

ID: (13,25)
= 0.0699253306

 
 
 

ID: (13,26)
= 0.0700737089

 
 
 

ID: (13,27)
= 0.0704404786

 
 
 

ID: (13,28)
= 0.0705746412

 
 
 

ID: (13,29)
= 0.0706835985

 
 
 

ID: (13,30)
= 0.0707110167

 
 
 

ID: (13,31)
= 0.0713352785

 
 
 

ID: (13,32)
= 0.0716453195

 
 
 

ID: (13,33)
= 0.0719093308

 
 
 

ID: (13,34)
= 0.0720625818

 
 
 

ID: (13,35)
= 0.0722248331

 
 
 

ID: (13,36)
= 0.0722737983

 
 
 

ID: (13,37)
= 0.0724564195

 
 
 

ID: (13,38)
= 0.0726795122

 
 
 

ID: (13,39)
= 0.0727438331

 
 
 

ID: (13,40)
= 0.0731437281

 
 
 

ID: (13,41)
= 0.0731859878

 
 
 

ID: (13,42)
= 0.0732855126

 
 
 

ID: (13,43)
= 0.0733296275

 
 
 

ID: (13,44)
= 0.0736159608

 
 
 

ID: (13,45)
= 0.0738373473

 
 
 

ID: (13,46)
= 0.0739557892

 
 
 

ID: (13,47)
= 0.0739835128

 
 
 

ID: (13,48)
= 0.0743306428

 
 
 

ID: (13,49)
= 0.0745025724

 
 
 

ID: (13,50)
= 0.0748124570

 
 
 

ID: (13,51)
= 0.0749320164

 
 
 

ID: (13,52)
= 0.0749472827

 
 
 

ID: (13,53)
= 0.0751485899

 
 
 

ID: (13,54)
= 0.0752484798

 
 
 

ID: (13,55)
= 0.0752484798

 
 
 

ID: (13,56)
= 0.0754468367

 
 
 

ID: (13,57)
= 0.0755209327

 
 
 

ID: (13,58)
= 0.0757060796

 
 
 

ID: (13,59)
= 0.0757370889

 
 
 

ID: (13,60)
= 0.0759247392

 
 
 

ID: (13,61)
= 0.0759771019

 
 
 

ID: (13,62)
= 0.0760157332

 
 
 

ID: (13,63)
= 0.0761537626

 
 
 

ID: (13,64)
= 0.0766466483

 
 
 

ID: (13,65)
= 0.0767411888

 
 
 

ID: (13,66)
= 0.0769408271

 
 
 

ID: (13,67)
= 0.0769641027

 
 
 

ID: (13,68)
= 0.0771732703

 
 
 

ID: (13,69)
= 0.0772841796

 
 
 

ID: (13,70)
= 0.0773177668

 
 
 

ID: (13,71)
= 0.0774350837

 
 
 

ID: (13,72)
= 0.0775502324

 
 
 

ID: (13,73)
= 0.0777883977

 
 
 

ID: (13,74)
= 0.0779071674

 
 
 

ID: (13,75)
= 0.0779435784

 
 
 

ID: (13,76)
= 0.0780221522

 
 
 

ID: (13,77)
= 0.0781644881

 
 
 

ID: (13,78)
= 0.0782928020

 
 
 

ID: (13,79)
= 0.0784040391

 
 
 

ID: (13,80)
= 0.0785153136

 
 
 

ID: (13,81)
= 0.0786211789

 
 
 

ID: (13,82)
= 0.0789114833

 
 
 

ID: (13,83)
= 0.0790057182

 
 
 

ID: (13,84)
= 0.0790057182

 
 
 

ID: (13,85)
= 0.0790499672

 
 
 

ID: (13,86)
= 0.0791718215

 
 
 

ID: (13,87)
= 0.0791728795

 
 
 

ID: (13,88)
= 0.0792097971

 
 
 

ID: (13,89)
= 0.0794095919

 
 
 

ID: (13,90)
= 0.0794282928

 
 
 

ID: (13,91)
= 0.0794413611

 
 
 

ID: (13,92)
= 0.0796962008

 
 
 

ID: (13,93)
= 0.0797766894

 
 
 

ID: (13,94)
= 0.0797791332

 
 
 

ID: (13,95)
= 0.0799329430

 
 
 

ID: (13,96)
= 0.0803723186

 
 
 

ID: (13,97)
= 0.0804221779

 
 
 

ID: (13,98)
= 0.0804671124

 
 
 

ID: (13,99)
= 0.0805006474

 
 
 

ID: (13,100)
= 0.0805557966

 
 
 

ID: (13,101)
= 0.0806083381

 
 
 

ID: (13,102)
= 0.0807833001

 
 
 

ID: (13,103)
= 0.0809462965

 
 
 

ID: (13,104)
= 0.0810140520

 
 
 

ID: (13,105)
= 0.0810140520

 
 
 

ID: (13,106)
= 0.0811882094

 
 
 

ID: (13,107)
= 0.0812819675

 
 
 

ID: (13,108)
= 0.0814018995

 
 
 

ID: (13,109)
= 0.0814018995

 
 
 

ID: (13,110)
= 0.0815887228

 
 
 

ID: (13,111)
= 0.0816276520

 
 
 

ID: (13,112)
= 0.0816531703

 
 
 

ID: (13,113)
= 0.0817701966

 
 
 

ID: (13,114)
= 0.0819531828

 
 
 

ID: (13,115)
= 0.0819871277

 
 
 

ID: (13,116)
= 0.0819996893

 
 
 

ID: (13,117)
= 0.0820643380

 
 
 

ID: (13,118)
= 0.0820796266

 
 
 

ID: (13,119)
= 0.0821299925

 
 
 

ID: (13,120)
= 0.0821345001

 
 
 

ID: (13,121)
= 0.0822378397

 
 
 

ID: (13,122)
= 0.0822874904

 
 
 

ID: (13,123)
= 0.0824848115

 
 
 

ID: (13,124)
= 0.0826375782

 
 
 

ID: (13,125)
= 0.0827390477

 
 
 

ID: (13,126)
= 0.0827884302

 
 
 

ID: (13,127)
= 0.0830048099

 
 
 

ID: (13,128)
= 0.0832151994

 
 
 

ID: (13,129)
= 0.0834559128

 
 
 

ID: (13,130)
= 0.0835319832

 
 
 

ID: (13,131)
= 0.0835526064

 
 
 

ID: (13,132)
= 0.0836391076

 
 
 

ID: (13,133)
= 0.0836696178

 
 
 

ID: (13,134)
= 0.0838430002

 
 
 

ID: (13,135)
= 0.0839687511

 
 
 

ID: (13,136)
= 0.0839743167

 
 
 

ID: (13,137)
= 0.0840073973

 
 
 

ID: (13,138)
= 0.0840478763

 
 
 

ID: (13,139)
= 0.0840512514

 
 
 

ID: (13,140)
= 0.0840978771

 
 
 

ID: (13,141)
= 0.0841373727

 
 
 

ID: (13,142)
= 0.0841426998

 
 
 

ID: (13,143)
= 0.0841992572

 
 
 

ID: (13,144)
= 0.0842332914

 
 
 

ID: (13,145)
= 0.0843412727

 
 
 

ID: (13,146)
= 0.0843549371

 
 
 

ID: (13,147)
= 0.0843781531

 
 
 

ID: (13,148)
= 0.0843979716

 
 
 

ID: (13,149)
= 0.0845964029

 
 
 

ID: (13,150)
= 0.0846594200

 
 
 

ID: (13,151)
= 0.0848549977

 
 
 

ID: (13,152)
= 0.0851083025

 
 
 

ID: (13,153)
= 0.0852151290

 
 
 

ID: (13,154)
= 0.0853502825

 
 
 

ID: (13,155)
= 0.0856213793

 
 
 

ID: (13,156)
= 0.0856858566

 
 
 

ID: (13,157)
= 0.0858717784

 
 
 

ID: (13,158)
= 0.0859733820

 
 
 

ID: (13,159)
= 0.0860004500

 
 
 

ID: (13,160)
= 0.0861501619

 
 
 

ID: (13,161)
= 0.0862206370

 
 
 

ID: (13,162)
= 0.0862590522

 
 
 

ID: (13,163)
= 0.0862824991

 
 
 

ID: (13,164)
= 0.0862913430

 
 
 

ID: (13,165)
= 0.0863716826

 
 
 

ID: (13,166)
= 0.0864195973

 
 
 

ID: (13,167)
= 0.0864569917

 
 
 

ID: (13,168)
= 0.0865237936

 
 
 

ID: (13,169)
= 0.0865279883

 
 
 

ID: (13,170)
= 0.0865707025

 
 
 

ID: (13,171)
= 0.0867186412

 
 
 

ID: (13,172)
= 0.0868345797

 
 
 

ID: (13,173)
= 0.0869486704

 
 
 

ID: (13,174)
= 0.0870656818

 
 
 

ID: (13,175)
= 0.0872611403

 
 
 

ID: (13,176)
= 0.0873440132

 
 
 

ID: (13,177)
= 0.0874258578

 
 
 

ID: (13,178)
= 0.0875637233

 
 
 

ID: (13,179)
= 0.0875705481

 
 
 

ID: (13,180)
= 0.0876358971

 
 
 

ID: (13,181)
= 0.0876358971

 
 
 

ID: (13,182)
= 0.0877708197

 
 
 

ID: (13,183)
= 0.0877708197

 
 
 

ID: (13,184)
= 0.0877708197

 
 
 

ID: (13,185)
= 0.0879665390

 
 
 

ID: (13,186)
= 0.0880523175

 
 
 

ID: (13,187)
= 0.0880889669

 
 
 

ID: (13,188)
= 0.0881561190

 
 
 

ID: (13,189)
= 0.0883285478

 
 
 

ID: (13,190)
= 0.0883440524

 
 
 

ID: (13,191)
= 0.0884933695

 
 
 

ID: (13,192)
= 0.0884966925

 
 
 

ID: (13,193)
= 0.0885209367

 
 
 

ID: (13,194)
= 0.0885300636

 
 
 

ID: (13,195)
= 0.0886147097

 
 
 

ID: (13,196)
= 0.0887097120

 
 
 

ID: (13,197)
= 0.0887822807

 
 
 

ID: (13,198)
= 0.0888362676

 
 
 

ID: (13,199)
= 0.0890009701

 
 
 

ID: (13,200)
= 0.0890673026

 
 
 

ID: (13,201)
= 0.0890855715

 
 
 

ID: (13,202)
= 0.0891181007

 
 
 

ID: (13,203)
= 0.0892876387

 
 
 

ID: (13,204)
= 0.0893037394

 
 
 

ID: (13,205)
= 0.0894283205

 
 
 

ID: (13,206)
= 0.0894935429

 
 
 

ID: (13,207)
= 0.0896069705

 
 
 

ID: (13,208)
= 0.0896308124

 
 
 

ID: (13,209)
= 0.0896831527

 
 
 

ID: (13,210)
= 0.0896962211

 
 
 

ID: (13,211)
= 0.0897358134

 
 
 

ID: (13,212)
= 0.0897786021

 
 
 

ID: (13,213)
= 0.0900029689

 
 
 

ID: (13,214)
= 0.0900233835

 
 
 

ID: (13,215)
= 0.0901168883

 
 
 

ID: (13,216)
= 0.0901472196

 
 
 

ID: (13,217)
= 0.0901713818

 
 
 

ID: (13,218)
= 0.0902260393

 
 
 

ID: (13,219)
= 0.0905089080

 
 
 

ID: (13,220)
= 0.0905644670

 
 
 

ID: (13,221)
= 0.0906028003

 
 
 

ID: (13,222)
= 0.0906806514

 
 
 

ID: (13,223)
= 0.0907110125

 
 
 

ID: (13,224)
= 0.0910145789

 
 
 

ID: (13,225)
= 0.0910511389

 
 
 

ID: (13,226)
= 0.0910846367

 
 
 

ID: (13,227)
= 0.0911150277

 
 
 

ID: (13,228)
= 0.0912063867

 
 
 

ID: (13,229)
= 0.0912824869

 
 
 

ID: (13,230)
= 0.0912838131

 
 
 

ID: (13,231)
= 0.0913430303

 
 
 

ID: (13,232)
= 0.0913911983

 
 
 

ID: (13,233)
= 0.0914500430

 
 
 

ID: (13,234)
= 0.0914566517

 
 
 

ID: (13,235)
= 0.0915678218

 
 
 

ID: (13,236)
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